1889年1月3日にニーチェの精神は崩壊した。この日、ニーチェがトリノ市の往来で騒動を引き起して二人の警察官の厄介になったということ以外の正確な事情は明らかになっていない。しばしば繰り返される逸話は、カルロ・アルベルト広場で御者に鞭打たれる馬を見て奮い立ったニーチェがそこへ駆け寄り、馬を守ろうとしてその首を抱きしめながら泣き崩れ、やがて昏倒したというものである[9]。
数日後、ニーチェはコジマ・ヴァーグナーやブルクハルトほか何人かの友人に短い手紙を送るが、それらはいずれも狂気の徴候を示すものであった。ブルクハルト宛の手紙では
“ 「私はカイアファを拘束させてしまいました。昨年には私自身もドイツの医師たちによって延々と磔（はりつけ）にされました。ヴィルヘルムとビスマルク、全ての反ユダヤ主義者は罷免されよ！」
”
と書き、またコジマ・ヴァーグナー宛の手紙では、
“ 「私が人間であるというのは偏見です。…私はインドに居たころは仏陀でしたし、ギリシアではディオニュソスでした。…アレクサンドロス大王とカエサルは私の化身ですし、ヴォルテールとナポレオンだったこともあります。…リヒャルト・ヴァーグナーだったことがあるような気もしないではありません。…十字架にかけられたこともあります。…愛しのアリアドネへ、ディオニュソスより」
”
と不可思議な内容を書き綴った。
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1月6日、ブルクハルトはニーチェから届いた手紙をオーヴァーベックに見せた。翌日にはオーヴァーベックのもとへも同様の不可解な手紙が届き、友人の手でニーチェをバーゼルへ連れ戻す必要があると確信したオーヴァーベックはトリノへ駆けつけ、ニーチェをバーゼルの精神病院へ入院させた。このころニーチェはすでに完全な狂気の淵へ陥っており、母フランツィスカはイェーナの病院でオットー・ビンスワンガー（Otto Binswanger）に診てもらうことを決める。その後11月から1890年2月まで、医者のやり方では治療効果がないと主張したユリウス・ラングベーン（Julius Langbehn）が治療に当たり、ニーチェの扱いについて大きな影響力をもったが、やがてその秘密主義によって信頼を失い、フランツィスカは1890年3月にニーチェを退院させて5月にはナウムブルクの実家に彼を連れ戻した。初期の解説者はしばしば梅毒への感染を精神崩壊の原因とみなしているが、ニーチェの示している徴候は梅毒の症例とは矛盾しているところも見られ、脳腫瘍と診断する向きもある。大方の解説者はニーチェの狂気と哲学を無関係なものと考えているが、ジョルジュ・バタイユやルネ・ジラールなどのように、ニーチェの狂気は彼の哲学によってもたらされた精神的失調だと考える者もいる。